공정위는 "의사들이 스스로 결정해야 할 휴진 여부를 의사협회가 영향력을 행사해 의료서비스의 거래를 제한했다"고 고발 이유를 밝혔다. 공정거래법은 사업자단체가 용역의 거래를 제한하는 행위로 부당하게 경쟁을 제한하거나 구성사업자의 사업내용·활동을 부당하게 제한하는 행위를 금지하고 있다. 공정위는 위법성 판단 근거로는 의협이 집단휴업을 위해 찬반투표를 실시하고 구체적인 투쟁지침을 휴업에 찬성하지 않은 회원들에게도 모두 통지한 점을 들었다.
한편 법원은 지난 2000년 의약분업에 반대해 집단휴진을 이끈 당시 의사협회 지도부에 징역형과 벌금형을 선고한 바 있다.
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