정부가 임시투자세액공제 폐지를 업종별ㆍ지역별ㆍ기업규모별로 차등화할 방침이다. 또 소득세 인하는 최고세율구간 신설보다 현행 구간을 그대로 두고 8,800만원 이상 최고세율만 인하 자체를 유예하는 방안을 검토하고 있다. 16일 기획재정부에 따르면 재정부는 임투세액공제 폐지, 소득세 최고세율, 법인세 인하 등 논란이 되고 있는 세제개편안 수정 의견을 패키지로 만들어 오는 19일 국회 조세소위에 전달할 예정이다. 정부는 우선 그동안 논란이 돼온 임투세액공제를 차등화하는 방안을 내놓았다. 통신 등 임투세액공제 폐지 이후 기능별로 지원되는 연구개발(R&D) 세제지원의 혜택을 덜 받는 업종에 대해서는 1년간 임투세액공제를 유지하고 중소기업과 지방 투자 대기업도 1년간 연장할 계획이다. 다만 현재 10%(수도권 3%)인 세액공제율은 5~7%로 줄일 방침이다. 실제로 통신업체들은 구체적인 세금부담 수치까지 제시하며 임투세액공제 폐지시 내년 정보기술(IT) 투자액이 크게 줄어들 것으로 우려하고 있다. 한국통신사업자연합회에 따르면 KTㆍSK텔레콤ㆍLG텔레콤 등 통신3사는 임투세액공제 폐지로 2,675억원의 법인세 부담이 늘어나고 법인세 감세(2%포인트 인하) 요인을 감안해도 결국 1,808억원의 세금이 늘어난다고 주장하고 있다. 정부는 고소득자 소득세 인하에 대해서도 국회에서 논의되고 있는 최고구간 신설보다 최고세율 자체를 인하 유예하는 방향으로 가닥을 잡고 있다. 결국 정부는 당초 8,800만원 이상 소득자에 대해 올해 35%에서 33%로 인하하려던 소득세율을 35%로 유지한다는 의견을 낼 예정이다. 최고구간을 신설할 경우 1억원, 1억2,000만원 구간에 대한 형평성 문제가 있는데다 향후 유예기간이 끝난 후 구간을 폐지하기도 쉽지 않다는 판단에 따른 것이다. 정부는 이와 함께 쟁점이 되고 있는 법인세 인하의 경우 중소기업의 세부담 경감과 성장 잠재력 확충을 위해 당초 계획대로 과표 2억원 이하는 10%로, 2억원 이상은 20%로 인하할 방침이다. 한편 국회 기획재정위에는 임투세액공제과 관련, 중소기업과 지방투자 대기업에 대해 10%에서 5%로 세율은 조정하되 세액공제를 연장하는 방안이 올라와 있다. 또 소득세 최고세율은 1억원 또는 1억2,000만원의 새로운 최고세율 구간을 신설해 초과하는 소득에는 35%의 현행 세율을 적용하는 방안 등이 제안됐다.
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