삼성전자(005930)가 마이크로소프트(MS)에 지급한 특허권 사용료 중 국내에 등록되지 않은 특허에 대한 대가는 한미조세협약에 따라 법인세 부과 대상이 아니라는 법원 판단이 나왔다. 판결이 확정되면 세무당국은 징수한 법인세 113억여 원을 마이크로소프트에 돌려줘야 한다.
24일 법조계에 따르면 수원지법 행정2부(홍승철 부장판사)는 삼성전자가 동수원세무서를 상대로 낸 법인세 원천징수 처분 등 취소 소송에서 원고 승소로 판결했다. 지난 2011년 7월 삼성전자는 안드로이드 기반 스마트폰·태블릿PC 사업에 필요한 MS의 특허권을 사용하고 MS에 특허 사용료를 지급했다. 삼성전자는 2012~2015년 한미조세협약에 따라 세율 15%를 적용해 해당 특허 사용료에 대한 법인세를 납부했다. 삼성이 MS에 지급한 특허 사용료는 결과적으로 MS의 소득인만큼 삼성이 MS의 원천소득 세금 징수를 대행한 것이다.
하지만 서울지방국세청은 2016년 10월 실시한 법인세 통합조사 결과 삼성전자가 2013년에 특허권 사용료 법인세를 축소했다고 봤다. 국세청은 “삼성전자가 MS에 지급해야 할 특허권 사용료가 1조2,815억7,000만여원이었다”며 “하지만 삼성전자는 MS자회사로부터 지급받아야 하는 690억원을 특허권 사용료와 상계(소멸)하고 나머지 금액에 대해서만 세금을 납부했다”고 파악했다. 이에 따라 동수원세무서는 2017년 4월 삼성전자에 제외된 690억여원에 대한 법인세 113억여원을 징수했다. 삼성전자는 추가 세금 징수에 불복해 조세심판원에 처분 취소 심판을 청구했으나 기각되자 행정소송을 제기했다.
삼성전자는 “한미조세협약에 따라 국내에 등록되지 않은 특허권 사용 대가로 받는 사용료 소득은 국내원천소득으로 볼 수 없어 원천징수대상에 해당하지 않는다”고 주장했다. 국세청은 “법인세법상 국내에 등록되지 않은 특허권이라도 국내에서 제품 생산에 사용됐으면 국내에 원천이 있어 법인세 과세 대상이 된다”고 맞섰다.
법원은 문제가 된 법인세 113억여원에 대해 추가 징수처분 취소 판결을 내리고 삼성전자의 손을 들어줬다. 재판부는 “미국법인의 원천소득 해당 여부는 소득세법 및 법인세법보다 조세조약이 우선하므로 한미조세협약을 따라야 한다”며 “국내에 등록되지 않은 특허권 사용료는 법인세 원천징수대상이 아니다”고 판시했다. 이어 “2013년도에 삼성전자와 MS가 체결한 전체 특허개수 4만1,613개 중 국내 등록된 특허 1,222개(2.9%)에 대해서만 법인세 원천세를 부과해야 한다”며 “앞서 이를 초과하는 법인세 1,818억원을 금액을 납부했으므로 추가로 납부해야 할 법인세는 없다”고 덧붙였다.
/백주연기자 nice89@sedaily.com
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