대법원이 증권사가 전산시스템을 위탁 개발하기 위해 쓴 돈은 연구개발비에 해당하지 않아 세액 공제 대상이 아니라는 판결을 내렸다.
19일 법조계에 따르면 대법원2부(주심 권영준 대법관)는 지난달 24일 LS증권(078020)이 영등포세무서를 상대로 낸 법인세 경정청구 거부처분 취소 소송에서 원고 승소 취지의 원심을 파기하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다.
대법원은 "전산 시스템은 기존 업무를 효율적으로 운영하고 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위해 당시의 정보기술 등을 활용해 위탁개발한 것"이라며 "그 목표와 결과 등에 비춰 볼 때 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소해 정보기술 등 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없다"고 판시했다.
LS증권은 2011년 8월부터 1년간 LG CNS에 차세대 전산시스템 개발을 위탁한 뒤 개발비 286억 원을 지급했다. 이후 LS증권은 지급한 개발비 중 소프트웨어 개발비와 인건비 등 약 155억 원이 구 조세특례제한법(조특법)상 법인세 세액공제 적용 대상인 연구개발비에 해당한다며 영등포세무서에 환급을 구하는 경정청구를 했고, 거부되자 소송을 제기했다.
재판의 쟁점은 해당 개발비가 연구개발비에 해당하는지 여부였다. 구 조특법은 연구개발비를 '연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동'이라고 정하고 있다.
1심 법원은 전산시스템 개발이 연구와 관련 없다며 세무 당국의 손을 들어줬지만, 2심은 해당 시스템 위탁개발은 기술적 진전을 이루기 위한 연구 활동에 해당한다며 원고 승소 판결을 내렸다.
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