28일 안 후보자가 사퇴를 발표하자 국무조정실·국무총리비서실에서는 당황하고 허탈한 기색을 감추지 못했다. 소속 공무원들은 이날 오후까지만 해도 현금 자산 5억원의 보유 경위, 특정업무경비 유용 의혹 등 의혹에 대한 해명자료를 준비하는 등 청문회 준비에 한창이었다. 안 후보자는 이날 하루 종일 집무실이 마련된 정부서울청사 창성동 별관에 머물려 마음을 정리한 것으로 알려졌다.
국무조정실의 한 관계자는 "내부에조차 기자회견을 한다는 사실이 일정을 발표하기 직전에 알려졌다"며 "그 내용이 사퇴라는 사실은 회견장에서 발표문을 보고 알았다"고 말했다.
이에 따라 사의를 표한 정홍원 총리를 보내고 새 총리를 맞기 위한 인수인계 작업에 몰두하던 국무조정실 등 관계부처도 혼란이 불가피할 것으로 전망된다. 후임을 찾는데 적지 않은 시간이 걸릴 가능성이 높아 새롭게 임명될 '책임총리'의 주도로 정부조직을 개편하고 국가를 개조하려던 계획도 차질을 빚게 됐기 때문이다.
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